Het geheim beschrijft een visioen van een "bisschop in het wit" die wordt neergeschoten, wat het Vaticaan interpreteerde als een verwijzing naar de aanslag op Johannes Paulus II op 13 mei 1981 – precies 64 jaar na de eerste verschijning in Fátima.
Maar er zijn in de loop van de jaren geruchten opgedoken dat dit maar een deel van het Derde Geheim betrof, vooral omdat de Heilige Maagd Maria opgedragen had het Geheim vóór 1960 bekend te maken. Hierdoor zijn er nogal wat speculaties ontstaan vlak na 1960 over het Tweede Vaticaans Concilie dat geopend werd onder leiding van Paus Johannes XXIII.
En om het mysterie groter te maken: zuster Lúcia de Jesus Rosa dos Santos heeft een in een bijbelcommentaar gezegd dat de aanslag op de Paus in de Apocalyps beschreven stond. Men is toen in de hoofdstukken gaan kijken en er is één opvallend hoofdstuk in de Apocalyps dat deze aanslag beschrijft. En hier ligt nu een ander probleem: mogelijk zijn er twee hoofdstukken in de Apocalyps betrokken bij het Derde Geheim, en dat zou weer betekenen dat het Derde Geheim maar slechts ten dele is geopenbaard door de H.Stoel. Was de opmerking van Paus Paulus VI over "de rook van Satan is het heiligdom binnengedrongen" soms een onderdeel van dit Geheim? Feit is wel dat zuster Lucia dos Santos Paus Paulus VI persoonlijk waarschuwde voor een "diabolische opstand" in de Kerk.
Hoewel sommigen beweren dat het Tweede Vaticaans Concilie zelf niets te maken had met het Derde Geheim, is het maar wel de vraag of er geen problemen waren bij sommige kardinalen en bisschoppen die aan het Concilie deelnamen. En het antwoord is waarschijnlijk: ja. Men is er achter gekomen dat sommige prelaten mogelijk van het geloof waren afgevallen of dat men zich schuldig had gemaakt aan ketterij. Ik zeg hier 'mogelijk' omdat zoiets wel bewijsbaar moet zijn. Maar anderzijds is het niet zomaar een vaag verzonnen hypothese. De vraag is of deze geestelijken inderdaad twijfelden aan de geopenbaarde waarheid of dat deze prelaten zelfs het Katholiek geloof "hardnekkig ontkenden", een van de voorwaarden van ketterij. Dat is nu op dit moment moeilijk na te gaan.
We moeten er volgens mij wel degelijk rekening mee houden dat het Derde Geheim uitgebreider was dan Paus Johannes Paulus II aan de wereld bekend gemaakt heeft, gezien wat zuster Lucia dos Santos hier zelf over gezegd heeft en het feit dat het Geheim vóór 1960 bekend gemaakt moest worden. Waren bepaalde delen van het Derde Geheim soms te schokkend, en heeft men het daarom achter gehouden? Op dit moment weet we het niet.
